一般來講的微生物肥料，其實是一種菌劑，是一類微生物群體。這類微生物菌劑能夠提供一種或多種對作物生長有益的微生物群落。由于農業上應用的微生物菌劑常常和草炭、泥炭、有機肥料等有機質含量較高的基質混合在一起，所以習慣上把微生物菌劑稱為微生物肥料，人們俗稱 菌肥。
微生物肥料的作用機理根本不同于化學肥料。能夠提供一種微生物群落的叫“單一
微生物肥料”或“專一微生物肥料”；能夠提供兩種以上多種微生物群落的叫“復合微生物菌劑”。根據微生物的作用劃分，可以將微生物菌劑劃分為：固氮細菌菌劑、解磷細菌菌劑、解甲細菌菌劑、腐解細菌菌劑等。這些微生物菌劑都可以選擇性地為農業生產服務。
總的來講，微生物菌肥的作用就是細菌的固定、分解、分泌作用，影響到土壤中的營養養分的變化。土壤中營養養分變化了，生長在土壤中的作物的生長情況當然也要變化。
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